Berdasarkan Peraturan Menteri ESDM No. 13 Tahun 2016, PPPGL merupakan salah satu unit yang berada di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Energi dan Sumber Daya Mineral. Struktur organisasi PPPGL terdiri dari :
- Bagian Tata Usaha;
- Bidang Program;
- Bidang Penyelenggaraan dan Sarana Penelitian dan Pengembangan;
- Bidang Afiliasi dan Informasi
- Jabatan Fungsional
